中國科學院沈陽應用生態研究所（以下簡稱沈陽生態所）成立于1954年，其前身為中國科學院林業土壤研究所，1987年更為現名，2001年成為國家知識創新工程試點單位，2015年成為中國科學院“生態文明建設”領域首批特色研究所試點單位。 

　　建所以來，圍繞現代農林業可持續發展和生態環境建設中亟需解決的重大科技問題，結合應用生態學發展需要，沈陽生態所在森林生態與林業生態工程、土壤生態與農業生態工程、污染生態與環境生態工程領域開展基礎性、戰略性和前瞻性研究，完善和創新應用生態學理論、方法和技術體系；聚焦退化生態系統恢復-重建與生態安全、黑土地保護-利用與糧食安全、污染環境治理-改善與低碳綠色發展，為東北工農業現代化和新型城鎮化提供生態與環境保障，為生態文明-美麗中國建設提供科技支撐。 

文化路園區北實驗樓

　　沈陽生態所設有3個研究中心，分別是森林生態與林業生態工程研究中心、土壤生態與農業生態工程研究中心、污染生態與環境生態工程研究中心；現有1個國地聯合實驗室、3個院級實驗室、多個省級實驗室等，分別是是污染土壤生物-物化協同修復技術國家地方聯合工程實驗室、中國科學院污染生態與環境工程重點實驗室、中國科學院森林生態與管理重點實驗室、中國科學院綠色肥料工程實驗室、遼寧省陸地生態過程與區域生態安全重點實驗室、遼寧省生態公益林重點實驗室、遼寧省植物資源與利用重點實驗室、遼寧省土壤環境質量與農產品安全重點實驗室、遼寧省肥料工程技術中心等。 

　　研究所在不同地帶、不同類型地區建有10個野外站，包括4個國家站（同為CERN站），分別是吉林長白山森林生態系統國家野外科學觀測研究站、遼寧沈陽農田生態系統國家野外科學觀測研究站、湖南會同森林生態系統國家野外科學觀測研究站、遼寧清原森林生態系統國家野外科學觀測研究站；包括3個所級站，分別是烏蘭敖都荒漠化試驗站、額爾古納森林草原過渡帶生態系統研究站、大青溝沙地生態實驗站；包括3個與國家林草局共建站，分別是吉林長白山西坡森林生態系統定位站、內蒙古額爾古納濕地生態系統定位觀測研究站、遼寧沈陽城市生態系統定位觀測研究站。 

　　研究所建有被譽為“大城市中小森林”之稱的沈陽樹木園，園區總計占地達125公頃（包括主園和輝山分院），建有展覽溫室和實驗溫室3000平方米；目前園內擁有植物專類區25個，保育植物資源1504種，珍稀瀕危植物61種；現遷地保育原生種植物1194種、本土植物1107種、國家重點保護野生植物41種；此外，保存IUCN珍稀瀕危植物38種、《中國生物多樣性紅色名錄》珍稀瀕危植物56種；完成東北地區受威脅物種60%以上的有效保護。 

裕農路園區區綜合大樓

　　沈陽生態所是1981年國務院學位委員會首次批準的博士學位點，現設有生態學、農業資源與環境2個一級學科博士研究生培養點，微生物學、環境科學2個二級學科博士研究生培養點，生態學、農業資源與環境2個一級學科碩士研究生培養點，微生物學、植物學、森林培育、環境科學等4個專業二級學科碩士研究生培養點；并設有生態學、農業資源與環境2個一級學科博士后流動站。 

　　截至2021年底，沈陽生態所共有在職職工409人，其中專業技術人員373人（包括正高級專業技術人員87人、副高級專業技術人員101人），共有國家杰出青年科學基金獲得者2人、國家優秀青年基金獲得者10人；共有在學研究生386人（其中博士生216人、碩士生170人），在站博士后44人。 

　　截至2021年底，共獲得省部級以上獎勵240余項，其中國家獎33項，省部級獎209項；出版專著近300部；發表論文11000余篇，其中SCI論文超過4500篇；授權專利533項。 

　　沈陽生態所與美國、英國、德國、比利時、俄羅斯、瑞士、日本等國家的眾多高水平大學和科研機構開展卓有成效的合作研究與學術交流，與國內知名高校和相關企業建立了合作關系。 

　　沈陽生態所是遼寧省生態學會、遼寧省植物學會、遼寧省土壤學會、沈陽市植物學會的掛靠單位；主辦中文期刊《應用生態學報》《生態學雜志》，及SCIE期刊Ecological Processes等學術刊物。