中國科學院沈陽應用生態研究所(前身中國科學院林業土壤研究所)成立于1954年，是以林業、土壤、植物、微生物與環境科學為基礎的綜合性應用生態學研究機構?，F有國家杰出青年基金獲得者2人，國家優秀青年基金獲得者9人。 

　　研究所下設土壤養分管理國家工程實驗室（共建）、污染土壤生物-物化協同修復技術國家地方聯合工程實驗室、中國科學院森林生態與管理重點實驗室、中國科學院污染生態與環境工程重點實驗室、中國科學院綠色肥料工程實驗室、遼寧省穩定同位素技術重點實驗室、遼寧省環境計算與可持續發展重點實驗室、遼寧省現代保護性耕作與生態農業重點實驗室；擁有中國科學院長白山森林生態系統定位研究站（國家野外觀測站、CERN重點站），中國科學院沈陽生態實驗站（國家野外觀測站、CERN重點站），中國科學院會同森林生態實驗站（國家野外觀測站、CERN重點站），中國科學院清原森林生態實驗站（國家野外觀測站、CERN重點站），烏蘭敖都荒漠化實驗站（國家林業局荒漠化監測中心之一），大青溝生態研究站，額爾古納森林草原過渡帶生態系統研究站，沈陽樹木園和東北生物標本館。研究所編輯出版《應用生態學報》和《生態學雜志》兩個國家級核心期刊及《Ecological Processes》國際期刊（SCI收錄）。 

　　研究所為1981年國務院學位委員會首批批準的博士學位點?，F有生態學、土壤學、微生物學、環境科學等4個博士學位點；生態學、土壤學、微生物學、環境科學、植物學、森林培育學等6個學術型碩士學位點及資源與環境、生物與醫藥兩個專業型碩士學位點。另設有生態學和農業資源與環境兩個一級學科博士后流動站。